Palírna Isle of Jura byla založena v r. 1810, ale podle historických důkazů docházelo k nelegálnímu pálení na tomto odlehlém ostrově již od začátku 16. století, takže neoficiálně by se mohlo jednat o nejstarší palírnu ve Skotsku.
V roce 1875 palírnu koupil James Ferguson, který ji roce 1884 přestavěl. Na začátku 20. století však byla palírna v důsledku rozepří s místním pánem C. Campbellem uzavřena.
K obnově došlo v 50. letech 20. století zásluhou Robina Fletchera, Riley-Smithe a Delma Evanse, kteří doufali, že znovuotevření palírny pomůže k zvýšení pracovních příležitostí na ostrově.
Nová palírna zahájila provoz roce 1963. V současnosti je palírna v majetku společnosti Whyte and Mackay Limited, která produkuje whisky značky Jura.